Saori Mugino adalah seorang ibu tunggal yang membesarkan putranya yang duduk di kelas lima, Minato. Minato mulai menunjukkan perilaku aneh seperti memotong rambutnya sendiri dan pulang ke rumah hanya dengan satu sepatu. Suatu malam, Minato tidak pulang sama sekali, dan setelah mencari ke berbagai tempat, Saori menemukannya di sebuah terowongan kereta yang terbengkalai. Saori mulai curiga bahwa guru putranya, Tuan Hori, telah menyakitinya dan ia pun mengonfrontasi pihak sekolah. Namun, para staf memperlakukannya dengan dingin, hingga akhirnya Hori memberikan permintaan maaf yang tidak tulus. Ketika ia menghadapi Hori secara langsung, Hori menegaskan bahwa sebenarnya Minato yang telah merundung murid lain bernama Yori. Saori kemudian mengunjungi rumah Yori dan mendapati bahwa meskipun Yori juga menunjukkan perilaku aneh, ia tampak menyayangi dan peduli pada Minato. Hori akhirnya dipecat dari sekolah, tetapi beberapa hari kemudian ia kembali dan Minato terjatuh dari tangga saat mencoba melarikan diri darinya. Suatu malam ketika hujan deras, Hori datang ke rumah Saori dan Minato, tetapi Saori mendapati bahwa Minato telah menghilang.

Kilas balik memperlihatkan awal cerita dari sudut pandang Hori. Ia melihat Minato menunjukkan perilaku mengganggu, seperti melempar barang-barang milik siswa lain di kelas dan tampaknya mengurung Yori di toilet sekolah. Hori juga sempat mengunjungi rumah Yori, dan menemukan bahwa ayahnya, Kiyotaka, adalah seorang pecandu alkohol yang kasar. Ketika Saori mulai bertanya-tanya tentang putranya, pihak sekolah menekan Hori untuk membiarkan mereka yang menangani agar reputasi sekolah tidak tercoreng, hingga akhirnya ia dipaksa mengundurkan diri. Setelah dihujani wartawan dan ditinggalkan pacarnya, Hori kembali ke sekolah untuk menghadapi Minato, dan sempat mempertimbangkan untuk melompat dari atap sekolah setelah Minato jatuh dari tangga. Saat hujan badai, Hori menemukan pola pada pekerjaan rumah lama Yori yang tampaknya membentuk nama Minato. Menyadari bahwa kedua anak laki-laki itu sebenarnya saling jatuh cinta, Hori bergegas ke rumah keluarga Mugino untuk meminta maaf dan meyakinkan Minato bahwa tidak ada yang salah dengannya. Ketika Saori mengatakan bahwa Minato hilang, mereka pergi ke terowongan kereta untuk mencarinya. Mereka menemukan sebuah gerbong tua yang hampir tertimbun lumpur, tetapi hanya menemukan ponco milik Minato di dalamnya.

Kilas balik terakhir dimulai dari sudut pandang Minato. Yori kerap diganggu oleh anak-anak lain karena perilakunya yang asosial dan tampak feminin. Yori bermain dengan rambut Minato, yang kemudian dipotong Minato secara impulsif. Mereka berdua semakin dekat, tetapi Minato bersikap keras kepada Yori saat ada para perundung lain. Hori salah paham dengan perilaku Minato dan mengira ia sedang merundung Yori. Saat hubungan mereka makin erat, Minato merasa gelisah karena perasaannya menjadi romantis dan ia merasa bukan anak yang layak bagi mendiang ayahnya. Suatu malam, ketika ia pergi ke rumah Yori, Yori dan Kiyotaka mengatakan bahwa Yori telah “sembuh”, meskipun Yori segera menarik ucapannya, yang kemudian memicu kemarahan ayahnya. Saat hujan badai, Minato menemukan Yori masih berpakaian lengkap di dalam bak mandi, penuh dengan memar, lalu keduanya melarikan diri ke gerbong kereta tua yang menjadi tempat persembunyian mereka. Setelah badai mereda, mereka keluar dari bawah gerbong dan bertanya-tanya apakah mereka telah “terlahir kembali”, lalu berlari bersama melintasi sebuah ladang. Di kejauhan, jalan setapak yang sebelumnya tertutup pagar kini sudah terbuka, tanpa ada sisa reruntuhan yang terlihat.